Table 2

Correlations of rs548234 and rs6937876 with expression levels in transformed B cells from 210 unrelated HapMap samples

	rs548234					rs6937876
Expression\genotype	CC (n=13)	CT (n=83)	TT (n=113)	p Value	Pc	GG (n=18)	GA (n=87)	AA (n=104)	p Value	Pc
Autophagy-related genes
APG5L (ATG5)	7.36±0.24	7.34±0.27	7.22±0.22	2.71×10⁻³	1.88×10⁻²	7.41±0.27	7.33±0.27	7.21±0.21	5.38×10⁻⁴	4.74×10⁻³
BECN1	9.97±0.24	9.81±0.28	9.72±0.24	9.04×10⁻⁴	1.10×10⁻²	9.94±0.25	9.82±0.27	9.70±0.24	1.42×10⁻⁴	1.97×10⁻³
APG3 (ATG3)	10.50±0.23	10.42±0.24	10.31±0.20	3.80×10⁻⁴	9.22×10⁻³	10.52±0.25	10.41±0.24	10.30±0.19	1.30×10⁻⁵	4.20×10⁻⁴
APG4A	7.97±0.18	7.87±0.26	7.84±0.23	0.140	0.316	7.96±0.23	7.88±0.26	7.82±0.21	0.043	0.107
APG4D	6.65±0.10	6.59±0.12	6.55±0.10	6.54×10⁻⁴	1.06×10⁻²	6.65±0.11	6.58±0.12	6.55±0.10	1.54×10⁻³	9.96×10⁻³
APG7L (ATG7)	8.60±0.26	8.54±0.28	8.47±0.26	0.076	0.184	8.59±0.26	8.54±0.29	8.45±0.25	0.022	0.071
APG10L	13.68±0.21	13.68±0.28	13.59±0.25	0.073	0.182	13.71±0.24	13.68±0.27	13.58±0.26	0.016	0.057
APG12L	10.59±0.15	10.51±0.24	10.41±0.19	5.20×10⁻⁴	1.01×10⁻²	10.57±0.23	10.52±0.23	10.40±0.18	4.54×10⁻⁵	1.10×10⁻³
APG16L	6.67±0.29	6.55±0.23	6.47±0.22	1.95×10⁻³	1.58×10⁻²	6.64±0.28	6.55±0.23	6.45±0.21	2.74×10⁻⁴	2.95×10⁻³
Type I IFN-related genes
IFNA1	5.92±0.09	5.91±0.10	5.86±0.11	1.70×10⁻³	1.50×10⁻²	5.92±0.09	5.91±0.10	5.86±0.11	1.70×10⁻³	1.03×10⁻²
IRF5	6.55±0.13	6.50±0.16	6.46±0.14	0.025	0.093	6.54±0.14	6.50±0.16	6.46±0.14	0.037	0.103
MDA5 (IFIH1)	12.09±0.37	12.07±0.35	11.96±0.35	0.067	0.176	12.12±0.38	12.07±0.34	11.94±0.35	0.014	0.054
IFNB1	6.05±0.13	5.99±0.14	5.95±0.15	0.027	0.097	6.03±0.12	6.00±0.16	5.95±0.14	0.016	0.060
IFNA1	5.95±0.09	5.93±0.10	5.89±0.09	5.11×10⁻³	2.75×10⁻²	5.94±0.10	5.93±0.10	5.90±0.09	0.038	0.102
IFNA5	6.01±0.09	5.96±0.08	5.95±0.08	0.034	0.110	5.99±0.09	5.96±0.08	5.95±0.07	0.085	0.179
IFNA6	6.02±0.07	6.01±0.08	5.98±0.07	0.056	0.165	6.02±0.07	6.00±0.08	5.99±0.07	0.161	0.325
IFNA7	6.03±0.13	5.97±0.11	5.95±0.09	0.031	0.107	6.02±0.12	5.96±0.11	5.96±0.09	0.045	0.109
IFNA10	6.17±0.05	6.16±0.08	6.18±0.08	0.135	0.319	6.18±0.06	6.15±0.08	6.19±0.07	0.012	0.049
IFNA14	5.90±0.11	5.84±0.10	5.84±0.10	0.148	0.326	5.89±0.11	5.84±0.10	5.85±0.09	0.080	0.172
IFNA17	5.91±0.08	5.86±0.09	5.85±0.08	0.022	0.089	5.90±0.10	5.86±0.09	5.85±0.08	0.028	0.085
IFNA21	5.94±0.08	5.91±0.10	5.89±0.08	0.050	0.156	5.94±0.09	5.91±0.10	5.89±0.08	0.060	0.139
STAT5B	8.82±0.28	8.80±0.30	8.73±0.25	0.205	0.423	8.86±0.28	8.80±0.30	8.72±0.24	0.029	0.085
IRF2BP1	6.46±0.09	6.43±0.12	6.41±0.11	0.156	0.336	6.47±0.09	6.43±0.12	6.40±0.11	0.051	0.121
IRF1	10.78±0.34	10.75±0.36	10.69±0.30	0.399	0.806	10.76±0.36	10.77±0.35	10.67±0.30	0.075	0.169
IRF6	6.14±0.20	6.11±0.15	6.06±0.09	6.27×10⁻³	3.04×10⁻²	6.12±0.18	6.11±0.15	6.06±0.09	0.018	0.062
TMPO	8.44±0.57	8.19±0.59	7. 94±0.50	3.15×10⁻⁴	1.02×10⁻²	8.40±0.58	8.19±0.58	7. 91±0.49	5.85×10⁻⁵	1.13×10⁻³
Apoptosis-related genes
PDCD1LG1	7.07±0.25	7.03±0.28	6.93±0.27	0.025	0.097	7.07±0.27	7.03±0.27	6.92±0.27	0.011	0.046
PDL2	6.77±0.34	6.65±0.29	6.55±0.25	5.06×10⁻³	2.89×10⁻²	6.79±0.36	6.63±0.29	6.56±0.24	2.66×10⁻³	1.43×10⁻²
TNFRSF6	8.97±0.28	8.82±0.35	8.72±0.27	6.22×10⁻³	3.18×10⁻²	8.96±0.36	8.82±0.31	8.71±0.28	8.90×10⁻⁴	6.17×10⁻³
CASP2	7.77±0.33	7.63±0.27	7.60±0.23	0.069	0.176	7.73±0.31	7.63±0.26	7.60±0.24	0.155	0.320
CASP3	10.79±0.27	10.70±0.36	10.61±0.30	0.064	0.172	10.81±0.36	10.70±0.35	10.59±0.29	5.29×10⁻³	2.44×10⁻²
CASP4	10.88±0.27	10.91±0.28	10.84±0.19	0.138	0.319	10.93±0.26	10.91±0.27	10.83±0.19	0.043	0.110
CASP5	6.58±0.11	6.53±0.16	6.51±0.15	0.164	0.346	6.60±0.15	6.53±0.15	6.50±0.15	0.032	0.091
CASP6	10.24±0.33	10.04±0.49	9.92±0.40	0.020	0.088	10.21±0.37	10.04±0.47	9.90±0.41	7.26×10⁻³	3.20×10⁻²
CASP8	6.72±0.32	6.65±0.30	6.54±0.27	0.013	0.060	6.72±0.32	6.65±0.29	6.53±0.27	2.33×10⁻³	1.33×10⁻²
NF-κB-related genes
NFKB1	12.71±0.23	12.69±0.30	12.59±0.26	0.032	0.107	12.75±0.27	12.67±0.29	12.59±0.27	0.019	0.064
NFKB2	9.94±0.26	9.92±0.31	9.75±0.34	1.32×10⁻³	1.28×10⁻²	9.96±0.33	9.90±0.31	9.76±0.35	3.27×10⁻³	1.67×10⁻²
NKAP	9.47±0.14	9.45±0.21	9.36±0.19	3.49×10⁻³	2.26×10⁻²	9.49±0.17	9.45±0.21	9.35±0.19	7.26×10⁻⁴	5.42×10⁻³
NFKBIA	13.84±0.27	13.69±0.35	13.50±0.36	3.64×10⁻⁵	1.77×10⁻³	13.84±0.29	13.69±0.33	13.47±0.36	8.94×10⁻⁷	4.34×10⁻⁵
TNIP1	12.40±0.22	12.31±0.27	12.20±0.25	2.35×10⁻³	1.75×10⁻²	12.38±0.25	12.31±0.25	12.19±0.25	4.81×10⁻⁴	4.67×10⁻³
TNIP3	6.80±0.29	6.79±0.33	6.69±0.27	0.054	0.164	6.84±0.32	6.78±0.33	6.69±0.26	0.026	0.081
TNFAIP3	12.36±0.32	12.25±0.38	12.00±0.36	2.84×10⁻⁶	2.75×10⁻⁴	12.39±0.35	12.23±0.38	11.99±0.35	4.60×10⁻⁷	4.46×10⁻⁵
REL	10.50±0.46	10.38±0.50	10.24±0.49	0.060	0.171	10.47±0.46	10.38±0.50	10.23±0.49	0.042	0.110
TRAF3IP1	6.47±0.12	6.37±0.18	6.33±0.13	4.64×10⁻³	2.81×10⁻²	6.46±0.15	6.37±0.18	6.32±0.12	6.51×10⁻⁴	5.26×10⁻³
TRAF1	12.08±0.30	11.97±0.34	11.81±0.35	8.76×10⁻⁴	1.21×10⁻²	12.07±0.31	11.96±0.34	11.79±0.35	1.67×10⁻⁴	2.02×10⁻³
TRAF2	10.72±0.24	10.56±0.33	10.50±0.25	0.022	0.093	10.72±0.26	10.56±0.33	10.49±0.25	4.35×10⁻³	2.11×10⁻²
TRAF4	10.01±0.41	9.88±0.39	9.79±0.39	0.061	0.169	9.95±0.46	9.88±0.37	9.79±0.39	0.076	0.168
TRAF6	7.40±0.13	7.35±0.18	7.27±0.18	1.21×10⁻³	1.30×10⁻²	7.40±0.20	7.35±0.16	7.26±0.18	1.35×10⁻⁴	2.18×10⁻³

Associations between the level of mRNA for each gene and single nucleotide polymorphism rs548234 and rs6937876 in HapMap samples were determined by one-way analysis of variance. Only genes that were significant at p<0.05 or approaching significance are shown. Corrected P (Pc) values that were <0.05 were marked in bold (Benjamini and Hochberg false discovery rate method). Data were expressed as mean±SD. Only individuals whose genotype was not available were excluded.
IFN, interferon; NF-κB, nuclear factor kappa B.