Table 2

C trachomatis genes targeted and primer sequences for real time RT-PCR

16S rRNA
5′-AAAGGAGAGAAAGACCGACC-3′ us
5′-CGCCGTTTAGCTTAACTCC-3′ ds
Ct776/aas
5′-TGCTGCCGATCATCCTT-3′ us
5′-TAAGGAATCGCTTCTACCTGAT-3 ds
Ct468/atoC
5′-CATCTCACATCCTCTGATCGC-3′ us
5′-AGATCGAGGGGAGTGCTTGT-3′ds
Ct130/glnQ
5′-TCTTCAAATCGTTCTGTCTCTA-3′ us
5′-CATGCAGACTATCGTAAGCA-3′ ds
Ct653/yhbG
5′-ATCGAGCGCGCCTTG-3′ us
5′-AGCATTTAATAGGTGCGTT-3′ ds
Ct237/fabG
5′-TATTCGCTGAGCAAGGG-3′ us
5′-GTTCTGAACTTGTGCGGAA-3′ ds
Ct393/proS
5′-TCGTGGCTCAGTGGCTAA-3′ us
5′-AACTCTTTGGCACGCATAA-3′ ds
Ct701/secA
5′-CTGTCTGACGACGAGCTTC-3′ us
5′-CACCCAGAATCTGCACATC-3′ ds
Ct762/murC
5′-GTTCTGCTCGATCGAGGAT-3′ us
5′-AATTCGGCTCGATGAACTAC-3′ ds
Ct624/mviN
5′-CATTGCTGCCGTAGTGAA-3′ us
5′-TACCATAGCATCGCTAACTGAC-3′ ds
Ct052/hemN
5′-CTCTCCCAATCCAACACATC-3′ us
5′-CCTTGATTCTCTAGTAGCTCTT-3′ ds
Ct868/Conserved hypothetical protein
5′-AGATCCCTTTACAGACGCTT-3′ us
5′-TCATGGCGTTCTACAGAATC-3′ds
Ct437/fusA
5′-TGCGCAACGCTGAGAA-3′ us
5′-GCACTTCCGCAAAGAACTG-3′ ds
Ct727/cadA
5′-TCTCCGCAACTTTTTTCC-3′ us
5′-TTCCGCCATCCCTGAT-3′ ds
Ct820/ftsY
5′-GAAACAAACTCCGCTCTCTT-3′ us
5′-GCCCGTTCATCAGGATT-3′ ds
Ct414/pmpC
5′-GCACTCTCCTCCGTTACTGA-3′ us
5′-AGCAGCTCGATACTCTGTGTT-3′ ds
Ct394/hrcA
5′-CAACTGCGAGCATCGAA-3′ us
5′-AAGTTTCGAGCCTACTGGTT-3′ ds